La nuova programmazione è basata sull'agenda di Lisbona e ha introdotto diverse variazioni rispetto alla programmazione del periodo precedente sia nella definizione degli obiettivi che restano essenzialmente tre, sia nella composizione dei Fondi strutturali di cui alcuni cambiano nome e finalità, come il FEOGA che si trasforma in FEASR e lo SFOP in FEP. Il Docup (documento unico di programmazione) previsto dal periodo di programmazione precedente per le Regioni obiettivo 2 è stato eliminato, tutte le regioni beneficiano invece dei Programmi Operativi Regionali. Per il periodo 2007–2013, i Fondi strutturali sono volti a migliorare la produttività, la competitività e l’innovazione in tutta Italia nel quadro di uno sviluppo sostenibile, mettendo l’accento sulla promozione delle competenze e sulla fornitura dei servizi pubblici alla gente e agli investitori. In totale l’Italia ha attivato 52 Programmi operativi (42 programmi regionali, otto programmi nazionali, due programmi multiregionali). Inoltre partecipa a 14 Programmi operativi nell’ambito dell’Obiettivo della cooperazione territoriale europea.

I nuovi obiettivi della Programmazione 2007-2013 sono:
• Obiettivo "Convergenza"
• Obiettivo "Competitività regionale e occupazione"
• Obiettivo "Cooperazione territoriale europea"

Le risorse disponibili per tutto il periodo 2007-2013: 347,410 miliardi di euro

Ripartizione per Obiettivo
• 81,54% per l'obiettivo "Convergenza"
• 15,95% per l'obiettivo "Competitività e Occupazione"
• 2,52% per l’obiettivo "Cooperazione territoriale"

Ai 28.812 mil di euro finanziati dall’Unione Europea si aggiungono altri 31.450 mil di euro messi a disposizione dall’Italia per un totale di circa 60.260 mil di euro.